Hệ thống thông tin Quản lý miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế để giảm thời gian xử lý nghiệp vụ hải quan, trong đó có công tác quản lý miễn, giảm, hoàn thuế (Hoạt động nghiệp vụ tại Chi cục Hải quan Vĩnh Phúc- Cục Hải quan Hà Nội).

Theo phân tích của Cục Công nghệ thông tin và thống kê Hải quan, hệ thống thông tin quản lý miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế XNK được Tổng cục Hải quan triển khai điện tử hóa theo hướng tự động xác định đối với tờ khai có hàng hóa tạm nhập tái xuất, có cơ chế kiểm tra và đưa ra cảnh báo cho cán bộ Hải quan đối với những tờ khai sắp hết thời gian ân hạn hoặc quá thời gian ân hạn mà chưa làm thủ tục liên quan. Đây là căn cứ giúp cán bộ Hải quan nắm được thông tin, đôn đốc DN làm hồ sơ không thu thuế.

Hệ thống kế toán thuế XNK theo mô hình xử lý tập trung cấp Tổng cục tích hợp với Hệ thống thông quan tự động VNACCS để thực hiện nhận các thông tin về tờ khai, thông báo thuế, thông báo lệ phí và danh sách DN XNK… Ngược lại Hệ thống kế toán thuế tập trung (KTTTT) sẽ gửi sang Hệ thống VNACCS các thông tin về hạn mức, bảo lãnh, danh sách DN nợ thuế, trạng thái tờ khai đã nộp thuế.

Bên cạnh đó, hệ thống còn quản  lý thông tin tờ khai gốc và tờ khai điều chỉnh bổ sung hoặc tờ khai phát sinh có liên quan phục vụ cho kiểm tra đối chiếu số liệu hỗ trợ quá trình xử lý hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế.

Không chỉ có thế, mô hình hệ thống thông tin quản lý thuế XK, NK tập trung sẽ giúp cơ quan Hải quan tự động việc hạch toán kế toán theo quy định của chế độ kế toán thuế XNK, tự động theo dõi nợ thuế, nợ phạt chậm nộp thuế. Đồng thời, cho phép cán bộ Hải quan lập danh sách DN nợ thuế chi tiết đến từng tờ khai và trạng thái nợ (nợ trong hạn, nợ quá hạn, nợ cưỡng chế). Cho phép cán bộ Hải quan tra cứu danh sách DN nợ thuế trên phạm vi toàn quốc để phục vụ công tác cưỡng chế hoặc xét nợ thuế đối với DN XNK.

Theo phân tích của Cục Thuế XNK (Tổng cục Hải quan), thời gian qua công tác miễn, giảm, hoàn thuế XNK còn chưa được nhanh chóng là bởi công tác quản lý thông tin miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế hiện nay được thực hiện theo phương thức thủ công.

Hiện Hải quan các tỉnh, thành phố gặp khó khăn trong việc tổng hợp báo cáo để thực hiện công tác miễn, giảm, hoàn thuế XNK gồm: Tờ khai, ngày tháng, tên công ty, tên dự án, danh mục miễn thuế được cấp, mặt hàng, số thuế được miễn, trị giá hàng, số lượng để làm căn cứ miễn thuế. Cụ thể khi đăng ký danh mục miễn thuế cho dự án ưu đãi đầu tư được thực hiện bởi chủ đầu tư, trong khi, NK hàng hóa thuộc danh mục hàng hóa miễn thuế của dự án được thực hiện bởi nhiều nhà thầu khác nhau, do đó, thông tin kết nối xác định số liệu báo cáo về số lượng, trị giá của dự án được miễn thuế gặp nhiều khó khăn để tổng hợp dữ liệu.

Bên cạnh đó, hiện chưa có văn bản pháp lý quy định, hướng dẫn việc nộp hồ sơ đề nghị xét miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế theo phương thức điện tử, nên thực hiện tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế bằng hình thức điện tử sẽ khó thực hiện do chưa đủ căn cứ pháp lý. Điều này đã gây khó khăn trong nghiệp vụ miễn thuế XNK. Bởi hiện nay, Hệ thống VNACCS cho phép đăng ký và quản lý Danh mục hàng hóa XNK miễn thuế theo trị giá và số lượng. Khi tờ khai có hàng hóa thuộc danh mục hàng miễn thuế được chấp nhận thông quan thì hệ thống tự động trừ lùi số lượng hàng trên tờ khai theo đơn vị nguyên chiếc. Nhưng trong thực tế, DN chỉ nhập một phần hoặc bộ phận dây chuyền sản xuất thông qua nhiều tờ khai khác nhau. Do vậy Hệ thống VNACCS không đáp ứng quản lý trừ lùi theo nhu cầu thực tế phát sinh nên công tác quản lý miễn thuế hiện nay vẫn được xử lý thủ công để giải quyết việc đăng ký danh mục hàng miễn thuế trên giấy của DN.

Ngoài ra, danh mục hàng XNK miễn thuế được cấp chỉ cung cấp thông tin tên mặt hàng rất chung chung và số lượng. Còn khi xử lý hồ sơ miễn thuế trong thông quan việc kiểm tra hồ sơ, hàng hóa thực nhập lại rất nhiều thông tin chi tiết và thuộc nhiều ngành hàng (chi tiết model, mã hiệu...) nên căn cứ để kiểm tra trừ lùi theo danh mục gặp nhiều khó khăn.

Liên quan đến nghiệp vụ hoàn thuế, không thu thuế cơ quan Hải quan cũng gặp không ít khó khăn, bởi trong quy trình xử lý hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế theo phân loại “Kiểm tra trước, hoàn thuế không thu thuế sau”. Vì vậy việc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế với khối lượng kiểm tra lớn, rất khó theo dõi kiểm soát được lượng nguyên phụ liệu xuất- nhập tồn của DN, cơ quan Hải quan hoàn toàn phụ thuộc vào số liệu cung cấp của DN. Công việc có thể phân bổ không đều trong năm.

Không chỉ có thế, mỗi hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế có từ chục đến hàng trăm dòng hàng thuộc vài chục đến vài trăm tờ khai. Hiện nay, để kiểm tra đối chiếu hồ sơ với dữ liệu trên hệ thống, công chức tra cứu từng tờ khai, từng dòng hàng trên hệ thống e-Customs V5 và các hệ thống liên quan mất nhiều thời gian và có nhiều rủi ro sai số. Mặt khác nếu tỷ lệ kiểm tra cao, Chi cục không thể có nhân lực để thực hiện vào kỳ nộp báo cáo quyết toán của các DN.

Một khó khăn nữa cũng được Hải quan địa phương phản ánh đó là việc thực hiện theo quy định Thông tư 38/2015/TT-BTC. Theo khoản 1 Điều 3 Thông tư 38/2015/TT-BTC khi nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế, DN không phải nộp tờ khai hải quan hàng hóa XNK trừ trường hợp khai hải quan trên tờ khai hải quan giấy. Tuy nhiên, thực tế khi xử lý hồ sơ hoàn thuế (sau khi thông quan hàng hóa) thì việc tra cứu và tái sử dụng các thông tin hồ sơ tờ khai hải quan điện tử này gần như không thực hiện được trên Hệ thống VNACCS. Do đó việc phát sinh yêu cầu DN phải cung cấp bổ sung hồ sơ giấy thêm căn cứ xử lý hồ sơ làm chậm và giảm hiệu quả công việc.

Để khắc phục những khó khăn trên và để giảm thời gian xử lý nghiệp vụ hải quan, trong đó công tác quản lý miễn giảm hoàn thuế hiện nay phải được nhanh chóng, chính xác tại đơn vị trực tiếp thực hiện nghiệp vụ, ngành Hải quan đã xây dựng quy trình miễn, giảm, hoàn thuế XNK và điện tử hóa luôn quy trình này bằng “Hệ thống thông tin Quản lý miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế” nhằm giải quyết và giảm thiểu khó khăn, vướng mắc hiện nay. Phần mềm này được cài đặt và triển khai tập trung tại Tổng cục Hải quan, cán bộ công chức Hải quan các cấp sẽ truy cập vào hệ thống để vận hành và khai thác.